故事背景由公元184年東漢末年黃巾之亂開始，至公元280年西晉統一，共96年歷史，以儒家政治道德观念為核心主旨，同时揉合千百年来广大民众心理，表现对昏君贼臣大乱天下的痛恨，对明君良臣清平世界的渴慕。
东汉建寧元年（168年）九月，宦官曹節、王甫等人專橫，大將軍竇武與太傅陳蕃因憎惡而意圖除害，不料事跡敗露，反被消滅[7]:34。漢桓帝、漢靈帝昏庸无道，寵信宦官，疏远良臣，致使朝政腐败，百姓生活困苦。灵帝时，張角自稱曾遇见仙人，幸得天书，学得有效治病方法。后来他云游四方给人治病（他治病的方法带有宗教色彩，但在某些因素的作用下，这使他声名远播），借此聚众起事，欲圖推翻东汉，爆发农民大暴動——黄巾起义。
在大将军何进带领军队剿灭了黄巾军之后，又发生了十常侍之乱。这时汉灵帝已故，汉少帝劉辯即位。何进欲杀皇宫里所有宦官，反被宦官诱杀。袁绍和曹操带领众大臣衝入皇宫，杀绝宦官，还误杀不少不留胡须的男人。少帝与陈留王刘协于慌乱中逃出皇宫。
各路诸侯分头寻找，最终由凉州刺史董卓找到少帝与陈留王。董卓自恃救駕有功，趁机专权弄政，废少帝，改立陈留王为汉献帝。董卓横行，残害忠良，引起大臣愤怒。曹操行刺董卓失败而逃走，假传圣旨，召各路诸侯结盟勤王，反抗董卓。斬華雄，敗呂布，十八路诸侯在袁绍率领下杀向首都洛阳，迫使董卓劫持皇帝，迁都长安。董卓后来与其义子吕布争美女貂蝉。吕布在王允勸誘下，杀了董卓。
长沙太守孙坚于洛阳发现了传国玉玺，欲私藏起来。袁绍大怒，逼孙坚交出玉玺。孙坚不肯，逃回长沙，途中遭荆州刘表袭击。孙坚为此与刘表结怨，后发兵进攻荆州，不料死于战中。在河北，袁绍与公孙瓒互争土地，爆发界桥之战，最後董卓假天子詔書和解才停戰。同时，各路诸侯如刘备等正在建立起自己的实力。曹操广招贤才，建立起一支强悍军队，准备霸占中原。
曹操奉迎汉献帝，拥护漢室，于许昌建新都，「挟天子以令诸侯」，剿灭中原群雄如吕布、張繡、袁术等，日渐强大，称霸中原。后来与袁绍在官渡之战中，以寡敌众，大败袁绍。曹操繼續挥军北上，灭袁氏、败乌桓、平辽东，统一北方。曹操开疆拓土，建立日后魏国的基础。
孙策自父亲孙坚战死後，欲重振家业，称霸江东。他拿父亲的遗物传国玉玺，与淮南袁术交换兵马。孙策掌握兵马，又有追随先父的老将、结拜兄弟周瑜及智谋之士帮助，发兵江东，经多年苦战，终于称霸，坐镇江东，为後来建立吴国打好基础。不料，孙策遇刺重伤身亡，由弟弟孙权继承基业。孙权有周瑜、張昭等能臣勇将扶持，稳坐江东，勢力逐渐强大。
刘备与关羽、张飞曾在桃园结义时立下誓言，忠心辅助汉室，拯救天下苍生。刘备讨伐黄巾有功，後得到县令官职。后来刘备投奔公孙瓒，就任平原太守，曾相约讨伐董卓，于虎牢关前与关、张二人大战吕布。曹操之父曹嵩被徐州刺史陶谦部下张闿所杀，起兵攻打徐州雪耻。陶谦求助，刘备来到徐州协助陶谦抵挡曹操大军。曹操退兵后，陶谦去世前将徐州交与刘备，刘备就任徐州牧。吕布被曹操打败后，逃到徐州投奔刘备。刘备慷慨收留吕布，後來張飛惹怒呂布，呂布反夺徐州。袁術率兵打劉備，呂布便以轅門射戟的方式救了劉備，劉備與曹操聯手消灭吕布。刘备同朝廷大臣密谋除掉专权欲篡位的曹操，不料事情暴露，劉備又叛曹操，斬殺曹將車冑奪徐州。刘备在徐州被曹操打败，逃去投奔袁绍，又叛袁紹，后在汝南建立实力。曹操再次于汝南大败刘备，迫使刘备逃往荆州投靠刘表。刘表让刘备镇守新野，以抵抗将要南征的曹操。刘备三顾茅庐，得到足智多谋的诸葛亮辅佐，如鱼得水。
曹操自封丞相，统一北方后，举兵南征荆州。刘备于新野两度杀退曹军，但彼眾我寡，只得放棄城池，被迫南退荆州。刘表已故，荆州由幼子刘琮接管，长子刘琦留守江夏。刘备携民渡江，来到襄阳城外，求刘琮让他进城，被刘琮拒绝。刘琮后来投降曹操，荆州落入曹操手中，劉琮也被殺。刘备不得已南下到江夏投靠刘琦，途中遭曹军追杀，百姓死伤无数，虽然途中曾有很多谋士劝他放弃军民（百姓），但仁义的刘备说什么就是不肯放弃他们。
为抵挡曹操凶猛的来势，刘备派遣诸葛亮前往江東说服孙权结盟抗曹。诸葛亮舌战群儒、智激孙权、庞统巧使连环计、孔明巧借东风、周瑜赤壁纵火，黄盖使苦肉计。周瑜不容诸葛亮在吳國，多次想加害诸葛亮，但都没成功。其中最出名的就是草船借箭。周瑜暂时放下杀诸葛亮的念头，专心策划对付曹操。最终，刘备与孙权的联军于赤壁之战中用火攻大败曹操，大獲全胜，曹操败走华容。
赤壁大戰后，孙權、刘備相争荆州。周瑜领兵与曹军大战，取胜后以为自己已经攻下荆州，不料曹军中诸葛亮调虎离山之计，荆州落入刘备手中，吴军苦战一无所获。孙权不满，派遣鲁肃前往荆州向刘备讨还荆州。刘备多次在诸葛亮的劝说下推辞交出荆州，说等刘琦死后交出荆州。刘琦病逝后，刘备又说取得容身之地后再交出荆州。孙权、周瑜无奈，多次想办法夺取荆州。周瑜使美人计，欲骗刘备到东吴娶孙权之妹为妻，实为扣留刘备在东吴，逼诸葛亮交出荆州以交换主公。东吴招亲，弄假成真，刘备不但取得孙权之妹为妻，还安全地返回荆州，结果蜀国的士兵都说：“周郎妙计安天下，赔了夫人又折兵。”周瑜使出计谋屡屡被诸葛亮识破，未得成功。最终，诸葛亮三气周瑜，周瑜呕血而死，临死前还大喊三声：“既生瑜，何生亮！”
在西北方，猛將馬超为被曹操杀害的父亲马腾报仇，联合韩遂、羌族兴兵讨伐曹操
